1. Keadilan (justice). Keadilan menjadi focus utama sekaligus tujuan dalam merealisasikan program. Adil juga dipahami bahwa HMM mesti senantiasa  menempatkan dalam posisi setara setiap agama dan kepercayaan yang ada di Indonesia. Tidak mengenal istilah mayoritas dan minoritas. Semua warga, apapun latar belakang suku, ras, agama, etnis, budaya, pendidikan, strata ekonomi social, dsb harus mendapatkan keadilan yang sama.
2. Kemanusiaan (humanity). HMM senantiasa mengedepankan  nilai-nilai kemanusiaan sebagai basis ideology perjuanganya. Aspek ini pula yang menjadikan HMM menolak berbagai bentuk kekerasan dan  diskriminasi karena hal itu bertentangan dengan nilai kemanusiaan.
3. Kemajemukan (plurality/pluralitas). Nilai ini menjadi basis kesadaran bahwa kebhinekaan sebuah keniscayaan yang harus disykuri dan diapresiasi sebagai anugerah dari Yang Maha Kuasa. Kemajemukan tak seharusnya membuat antarelemen kelompok masyarakat bersitegang, saling bermusuhan, dan saling membunuh. Kemajemukan harus dijadikan sebagai kekayaan yang memperkuat kedirian kita sebagai manusia dan sebagai warga-bangsa.
4. Demokratis (democracy). Asas ini tidak hanya dijalankan HMM dalam mengelola lembaga, tetapi juga sebagai aras perjuangan, dimana demokrasi harus ditegakkan dengan berbagai tantangan yang ada. HMM menyakini bahwa dengan sikap demokratis segala sesuatu dapat berjalan dalam koridor keterbukaan dan saling berperan sesuai kapasitas masing-masing individu maupun kelembagaan.
5. Independen. Sebagai lembaga social masyarakat (LSM/NGO) HMM memosisikan dirinya sebagai lembaga independen. Tidak berafilisiasi dengan partai politik mana pun, juga tidak berafiliasi dengan lembaga pemerintahan. Namun demikian, dalam implementasi program HMM terbuka untuk melakukan kerjasama dengan lembaga manapun yang memiliki visi-misi yang sama.
6. Kebersamaan (togetherness). HMM menjadikan kebersamaan sebagai modal dasar dalam memperjuangkan visi-misinya, terutama dalam hal keadilan, keharmonisan, kebebasan beragama, perdamaian, konflik resolusi dan tetap berupaya untuk menjaga kerukunan antar elemen masyarakat yang plural. HMM menyakini dengan kebersamaanlah segala sesuatu dapat dijalankan dengan mudah. Dengan kebersamaan ini HMM menilai bahwa kita hidup di muka bumi ini, di bumi Indonesia ini tidak sendirian. Karenanya dalam menghadapi berbagai persoalan yang muncul sebagai akibat dari kemajemukan itu juga mesti diselesaikan bersama-sama.
7. Perdamaian (peace). Sebagai lembaga yang memiliki motto ‘harmoni dalam perbedaan’ HMM senantiasa mengedepankan terwujudnya perdamaian nir-kekerasan. Dengan visi itu lembaga ini menolak berbagai bentuk kekerasan, diskriminasi, intimidasi, dan sebagainya yang senantiasa merugikan pihak yang menjadi korban. Perdamaian tidak hanya dijadikan jargon, melainkan menjadi spirit dalam setiap langkah perjuangan.