Dalam implementasinya, HMM dengan kapasitasnya sebagai lembaga swadaya masyarakat menancapkan tujuan strategis sebagai berikut:
Pertama, membantu pengembangan jaringan kerjasama antar-lembaga maupun individu untuk mewujudkan keadilan, kesejahteraan, dan perdamaian. HMM menyadari betul bahwa kerja-kerja atau upaya untuk menegakkan keadilan, mewujudkan kesejahteraan dan membangun perdamaian tidak dapat dilakukan dengan cara sendiri-sendiri, baik individu maupun kelompok kelembagaan.
Kedua, membantu peningkatan pemahaman pluralisme. Hal ini bertujuan agar pluralisme dapat dipahami secara benar dan tidak disalah-artikan. Bagi HMM, pluralisme dipahami sebagai ‘ideologi’ di mana setiap orang harus menghargai, memghormati dan mengapresiasi pluralitas atau kemajemukan yang ada di lingkungannya.
Ketiga, membantu penanganan berbagai persoalan dalam relasi antarumat beragama. HMM akan senantiasa berperan untuk berkontribusi dalam memecahkan berbagai masalah yang terkait dengan itu. Kontribusi tersebut meliputi kajian mendalam terhadap berbagai kebijakan yang terkait hubungan antaragama, dan advokasi terhadap korban dari dampak tidak terbangunnya relasi antar-umat beragama.